A história se passa durante a jornada de Ash, Misty e Brock pelo continente Johto, quando o trio resolve dar uma paradinha na cidade Grienfield. A cidade é famosa por seus lindos campos floridos mas quando o trio chega lá, encontram parte da paisagem totalmente cristalizada. Para tentar resolver o problema, chega à cidade também o Prof° Carvalho acompanhado de Délia Ketchum, a mãe de Ash.
O Prof° começa a pesquisar e as suspeitas se caem sobre os Unowns, antigos e raros Pokémon que podem realizar o poder de qualquer pessoa. Acredita-se que uma jovem garotinha chamada Molly, que perdeu seus pais e mora numa grande mansão agora cristalziada em forma de torre, esteja usando os Unowns incoscientemente e criando toda a confusão. Para piorar, surge um Entei vindo da torre e rapta a mãe de Ash, que sem ouvir o Prof° Carvalho parte para a misteriosa e perigosa torre visando resgatar sua mãe.
