A historia se passa em uma Era em que cada ser humano tinha um pokémon como seu guardião.
Tudo era paz e harmonia ate que um estudante do ultimo ano de praticas em batalha foi levado pela ganância e iniciou uma guerra contra o Instituto das Auras.
Em um combate crucial, um dos melhores alunos lutou portando um Salamence e lutou contra o Darkray do ganancioso Drako, a batalha foi longa e cansativa.
Portando um artefato nomeado de "Prisão Milenar" o guerreiro abriu uma passagem dimensional aprisionando o vilão e se auto aprisionando,ambos foram pra uma dimensão totalmente diferente da qual viviam.
7 anos se passaram, com um clima de paz, o Instituto recebera novatos, crianças entre 10 e 13 anos para se tornarem mais fortes. O grande Mal esta retornando com um exército de seguidores das sombras, dessa vez a nova geração, essas crianças serão a chave pra por um fim nessa guerra entre o bem e o mau.
BY: Master Tsuna