Sinopse:
O filme começa quatro anos atrás, quando o Prof° Lund e sua equipe de pesquisas estão em uma região gélida pesquisando o comportamento dos Pokémons locais. Também no local da pesquisa estava Tory, o filho do Prof° Lund, que estava tendo seu primeiro contato direto com os Pokémon.
Tudo ia bem até que um meteoro cai na região e dele sai o Pokémon do espaço Deoxys. Percebendo que talvez Deoxys fosse uma ameaça à Terra, o Pokémon Guardião Rayquaza aparece trava uma dura batalha contra o invasor até que consegue o derrotar e retorna para os céus. Enquanto tudo isso ocorria, os Pokémon locais se assustaram muito e saíram correndo com tal desespero que quase atropelaram o pequeno Tory...
De volta ao presente, Ash, Pikachu, May, Max e Brock chegam à cidade Larrouse, famosa por ser totalmente tecnológica. Lá, Ash conhece Tory que, desde o incidente anos atrás, não consegue ter contato com Pokémon por ter medo e, devido a isso, seu único amigo é uma estranha e misteriosa luz com inteligência artifícial.
