A história do filme começa muitos anos antes, quando uma terrível guerra entre humanos e Pokémon estava ocorrendo e Aaron, um valente guerreiro, junto ao seu Lucario resolvem dar um fim nisso tudo e trazer a paz novamente ao mundo.
Aaron acredita que indo até a Árvore da Origem e usando seu poder, tudo poderá ter fim, mas o caminho até a tal árvore é complicado e perigoso. Pensando nisso, Aaron decide selar Lucario em seu cetro, mesmo que o Pokémon não concordasse com isso. Logo em seguida, ele sobe em seu Pidgeot ruma à Árvore da Origem e coloca um fim na guerra.
De volta ao presente, o povoado do qual Aaron e Lucario vivam estão comemorando um festival em homenagem aos dois heróis. Como parte do festival, existe um torneio de batalhas Pokémon onde o campeão será o representante de Aaron durante o festival. Obviamente, Ash entrou no torneio e depois de duras batalhas conseguiu vencer!
Com um baile no estilo medieval todo especial, Ash e cia. dançam bastante e os Pokémon deles se divertem um pouco em uma sala do imenso castelo. Porém, os problemas começam quando Mew surge e acaba levando consigo Pikachu e Meowth para a Árvore da Origem. Como se não bastasse, Lucario consegue se libertar do cetro que o prendia e agora está totalmente amargurado e sem confiança nenhuma nos humanos.
Começa então uma jornada onde Ash e Lucario terão que trabalhar juntos para compreender os segredos da Árvore da Origem para novamente salvar o pequeno povoado da destruição.
Como pontos principais, o filme desenvolve a história de Lucario para entender os motivos de Aaron tê-lo deixado para trás, bem como o crescimento da amizade e respeito entre Ash e o pokemon lutador/metálico.
